Créé par la loi générale sur l’instruction publique du 11 floréal an X (1 mai 1802) proclamée par Bonaparte, premier consul. « Article 1 : l’instruction sera donnée dans les lycées. Article 10 : on enseignera dans les lycées les langues anciennes, la rhétorique, la logique, la morale et les éléments des sciences mathématiques et physiques », il sera d'abord installé dans l’ancien collège des Jésuites, fondé en 1630, et inauguré le 16 ventôse an XII (7 mars 1804). Il connaît sa première rentrée de lycée « impérial » le 12 brumaire an XIII (3 novembre 1804) mais se révèle, dès le XIXème, trop petit et déménage, en 1947, dans la Citadelle, ancienne place forte construite, entre 1624 et 1627, sur l’ordre du roi Louis XIII pour surveiller la ville après plusieurs révoltes. La première rentrée scolaire y aura lieu le 10 octobre 1948, le transfert des derniers internes ne s'achevant qu'en octobre 1959. L’ensemble des bâtiments a depuis été reconstruit, de nouveaux bâtiments ajoutés, dont le collège. La poudrière du Bastion Montmorency est aujourd'hui piscine et gymnase, le Centre d’Information et d’Orientation ferme le Bastion Ventadour, le Bastion de la Reine accueille le CRDP. Professeurs, administration et direction sont hébergés dans les anciennes casemates. La cité scolaire Joffre, collège, lycée et classes préparatoires aux Grandes Ecoles, occupe 15 hectares et constitue, au cœur de Montpellier, un élément du patrimoine architectural et historique de la ville.Le mathématicien et philosophe Auguste Comte, l'écrivain André Gide, les poètes Paul Valery et André Chamson, le physicien et prix Nobel 1992 Georges Charpak, y furent élèves. L'historien Emmanuel le Roy Ladurie, y enseigna entre 1953 et 1958.
